在农村有自建房，再按揭商品房，算是二套房吗

不算。以杭州为例：

根据《关于统一明确公积金贷款审批有关政策口径的通知》

一、关于申请贷款的缴存基数和比例要求

职工申请公积金贷款时，月缴存基数应不低于本市最低月工资标准，单位和个人缴存比例应均不低于5%。

二、关于高层次人才贷款优惠政策

高层次人才在我市首次购买自住普通商品住房申请公积金贷款的，可享受高层次人才公积金贷款优惠政策，申请贷款时应连续缴存3个月（含）以上，贷款额度可按家庭申请贷款时计算的可贷额度合计数上浮50%确定。

三、关于不同土地性质的住房套数认定

认定职工家庭住房套数时，国有土地上的住房计入住房套数，集体土地上的住房不计入住房套数。

扩展资料

首套房和二套房的差别

使用住房公积金贷款购买普通自住住房，执行首套住房公积金贷款政策，根据不同房屋类型，首付款比例规定如下：

1.购买商品房的，贷款首付比例不低于30%，同时不低于公积金中心楼盘合作协议规定的最低首付款比例；

2.购买经济适用房的，贷款首付款比例不低于20%；

3.购买二手房的，房龄为20年（含）以内的，贷款首付款比例不低于30%；房龄为20年以上的，贷款首付款比例不低于40%；

4.购买公有住房的，贷款金额不超过总房价的70%；

5.拆迁安置或建造、翻建、大修自住住房的，贷款金额不超过实际支付房款的70%。

参考资料：杭州市住房公积金管理中心-关于统一明确公积金贷款审批有关政策口径的通知