医学配准软件ANTs安装Tutorial+避坑指南
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郎哪周1.1 安装ANTs N4BiasFieldCorrection:将下载的文件解压至个人目录,如"\/home\/your_username\/".1.2 安装CMake:使用wget下载CMake安装包,然后在下载目录下以终端执行安装命令。在安装过程中,需要格外注意两个关键设置:SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL应设置为"OFF",以避免网络问题导致编译过程超时。
医学图像配准神器ANTs安装教程及避坑指南
ANTs,作为医学图像处理领域的翘楚,凭借其卓越的配准质量、高效性能和广泛应用,已然成为了不可或缺的工具。这款基于C语言编写的软件,不仅在Linux和Mac上表现出色,而且几乎涵盖了医学图像预处理的各个环节。
ANTs的安装步骤详解
1. 官方下载与配置
首先,访问ANTs的官方网站,您会找到详细的安装指南,适合于Linux和Mac用户。以下是具体的安装流程:
- 1.1 安装ANTs N4BiasFieldCorrection:将下载的文件解压至个人目录,如"/home/your_username/".
- 1.2 安装CMake:使用wget下载CMake安装包,然后在下载目录下以终端执行安装命令。
在安装过程中,需要格外注意两个关键设置:
- SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL应设置为"OFF",以避免网络问题导致编译过程超时。
- RUN_LONG_TESTS 和 RUN_SHORT_TESTS设置为"OFF",可避免编译错误。
1.3 CMake配置与编译
在新建的ANTs文件夹中,通过ccmake命令进行配置。在配置界面,根据需要调整选项,尤其是上述提到的设置。完成配置后,按'g'生成make files,如遇到错误,参考错误信息调整参数。
1.4 编译ANTs
使用"make -j 2 &>&1 | tee build.log"命令进行编译,确保输出显示代码0,表示编译成功。
编译完成后,将Scripts目录下的内容复制到生成的ANT/bin/目录下,以便后续使用。
环境变量设置
为了在终端中调用ANTs命令,需要设置环境变量。在终端中,执行以下步骤:
- 添加ANTSPATH到~/.bash_profile文件,指定二进制文件路径(如"/home/your_username/ANTs/bin")。
- 保存并关闭文件,然后执行"source ~/.bash_profile"以使设置生效。
- 通过"which antsRegistration"验证路径是否正确,如输出预期路径则安装成功。
尽管这个过程可能耗时,但掌握了这些技巧,ANTs的安装和使用将更加顺畅。如果你在医学图像处理的道路上遇到任何问题,欢迎与我们一起交流和探讨。希望这篇文章能帮助你顺利跨越ANTs安装的难关!
参考资料:初学者示例:Keras实现3D U-Net CNN教程 https://github.com/ANTsX/ANTs
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