nanopore测序技术专题（十九）：利用samtools处理sam格式文件

~ 在使用nanopore测序技术时，minimap2产生的比对结果通常为paf或sam格式。sam格式是更为常见的，尽管它与二代测序的sam格式相似，但第六列的CIGAR字符串会更为复杂。比对后的数据需要经过转换为bam、排序和建立索引的预处理步骤，才能用于后续分析。我们将详细介绍如何处理sam格式文件。

sam文件是一个详细记录read与参考基因组比对信息的列表，包含诸如read ID、比对标志、染色体号、位置、质量值、CIGAR字符串等信息。这些详细信息对于后续分析至关重要。

使用samtools工具处理sam或bam文件，可以执行如转换文件格式、排序、合并lane数据、添加头部信息等操作。例如，通过`samtools view -o output.sam input.sam`可以进行格式转换，`samtools sort input.sam -o sorted.bam`用于排序，`samtools index sorted.bam`则用于建立索引。

尽管比对工具可以直接输出排序和索引的bam文件，但考虑到内存效率，通常推荐先生成文本格式的sam，然后一次性处理。这是因为单条或一对read比对完成后，直接写入硬盘比在内存中操作更节省资源，尤其在内存有限的情况下。实践中，可以根据具体数据规模来权衡时间和资源的使用。

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