【生信工具】Samtools 安装与使用 | “十年以后，工具难免沦为朋友”
来自：比较好的东西 更新日期：早些时候
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Description | 简介
由于二代测序中普遍采用短读长（50~150bp）的测序策略，在后续分析流程中需要使用比对软件将reads片段匹配到参考基因组中，从而产生比对/匹配文件，进而用于后续流程的分析。
Samtools是一个用于处理SAM/BAM（SAM的二进制格式，用于压缩空间）格式的比对文件的工具，它能够输入和输出SAM（sequence alignment/map：序列比对）格式的文件，对其进行排序、合并、建立索引等处理。Samtools于2009年由Li Heng 发表在期刊BIOINFORMATICS上，被广泛地应用并整合在二代测序分析流程中，至今已超过2w+的引用率。
Installation | 安装
由于从官方的github上下载和安装的方式较为繁琐，并且相关的路径和依赖环境问题很容易报错，这里强烈建议使用conda的方式进行安装【还不清楚conda的请见 安装conda】。
安装成功后，在终端输入 samtools ，出现如下界面后，表示安装成功。
Function & Command | 功能与命令（常用）
（1）faidx ：index/extract FASTA
本命令对参考基因组（如hg19等）的fasta文件建立索引文件，生成的文件以.fai后缀结尾。
（2）sort： sort alignment file
本命令对bam文件中的序列进行排序，默认下是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。
（3）merge： merge sorted alignments
本命令将多个排好序的bam比对文件进行合并，产生一个排好序的bam输出文件(合并后的文件不需要再进行sort)，这个文件含有所有的输入记录，并且保留了他们原来的顺序。
（4）index：index alignment
本命令对bam文件建立索引并产生后缀为.bai的文件，用于快速的随机处理。很多后续分析的过程需要有bai文件的存在，特别是显示序列比对情况下，比如samtool的tview命令等。
（5） view：SAM<->BAM<->CRAM conversion
（6）depth：compute the depth
本命令对bam文件中的每个碱基位点的测序深度进行统计，并输出到标准输出。
（7）mpileup：multi-way pileup
本命令用于对bam文件进行处理，生成mpileup, VCF或BCF文件，再使用bcftools或varscan2进行SNP和Indel变异位点的检测（耗时较长，且灵敏度并不高，不建议使用）。
（8） fastq/a ：converts a BAM to a FASTQ/A
本命令将bam文件转换为fastq或fasta格式。
Summary | 总结
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相关评论：18479837342：生信格式之vcf格式
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18479837342：如何学好生物信息学?
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Samtools是一个用于处理SAM/BAM（SAM的二进制格式，用于压缩空间）格式的比对文件的工具，它能够输入和输出SAM（sequence alignment/map：序列比对）格式的文件，对其进行排序、合并、建立索引等处理。Samtools于2009年由Li Heng 发表在期刊BIOINFORMATICS上，被广泛地应用并整合在二代测序分析流程中，至今已超过2w+的引用率。
Installation | 安装
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Function & Command | 功能与命令（常用）
（1）faidx ：index/extract FASTA
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（2）sort： sort alignment file
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（3）merge： merge sorted alignments
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（4）index：index alignment
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（5） view：SAM<->BAM<->CRAM conversion
（6）depth：compute the depth
本命令对bam文件中的每个碱基位点的测序深度进行统计，并输出到标准输出。
（7）mpileup：multi-way pileup
本命令用于对bam文件进行处理，生成mpileup, VCF或BCF文件，再使用bcftools或varscan2进行SNP和Indel变异位点的检测（耗时较长，且灵敏度并不高，不建议使用）。
（8） fastq/a ：converts a BAM to a FASTQ/A
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