微生物学的命名

谁提出微生物命名法？~

卡尔·林奈
在生物学中，双名法是为生物命名的标准。正如“双”所说的，为每个物中命名的名字有两部分构成：属名和种加词。属名须大写，种加词则不能。在印刷时使用斜体。例如：''Homo sapiens''。如果在一篇文章中多次提到某一个属，除第一次提及时给出全写，在以后出现时可将属名缩写，但绝不能省略，例如 ''Homo sapiens''缩写为 ''H. sapiens''。在很少的一些情况下，由于一个物种已经广为人知，所以其缩写形式就约定成俗了。如在细菌中，''Escherichia coli''可以缩写成''E. coli''而不会引起误会。

名称来源

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属名通常使用拉丁文名词，如果引用其它语言的名词，则必须拉丁化。种加词大多为形容词，也可以为名词的所有格或为同位名词。当形容词作种加词时，要求其性、数、格与属名一致。例如板栗''Castanea millissima'' BL., ''Castanea'' 栗属（阴性、单数、第一格）。有时，名称也会来源于古希腊语，或者是本地语言，又或者是该物种发现者的姓名。事实上，分类学家通过各种途径来构造物种名称，比如说会开开玩笑或者是一语双关。然而，无论其来源如何，学名在语法上总是被看作拉丁文。因此，尽管生物学家不赞成，双名法名称有时又叫“拉丁文名”。称为“学名”似乎更恰当一些。请参阅生物学名常用拉丁文和希腊文词语。

使用双名法系统的价值

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双名法系统的价值体现在它的简便性和广泛性:

同样的名称在所有语言中通用, 避免了翻译的困难;

任何的一个物种都可以明确无误的由两个单词确定;

本系统已经在植物学 (始于 1753), 动物学 (始于 1758) 和 细菌学 (始于 1980)中广泛应用。

双名法命名的程序体现了其稳定性。特别的讲, 当一个种从一个属转到另一个属时 (比较常见的现象), 如果可能的话，种加词保留一致。类似的，如果原来的两个种合并时， 原来各自的种名保留为亚种名。

然而, 这样的稳定性不太绝对。基于分类上不同的观点，根据生物命名法规的名称修订或在分子系统学中的新发现，同一种生物可能有几个不同的学名在流通(请参阅同物异名)。 不稳定的另外一个原因是命名应遵循优先原则。

规范植物 (包括 真菌, 蓝藻) / 栽培植物 / 动物 / 细菌 / 病毒的命名法规是不同的。例如, ICBN (植物)命名法规不允许重复名, 而 ICZN (动物)法规则允许(如：''Gallus gallus'')。 曾经建议用统一的BioCode来把几个命名法规替换, 但考虑到对系统发生树进行命名的PhyloCode而存在争议。

对双名制的扩展


动物的三名制命名法


在动物学中, 一个动物物种可以往下细分, 应用三名法来命名一个亚种 (有时叫做"race"), 例如新西兰的普通鸬鹚(''Phalacrocorax carbo'')跟其它地方的有所不同, 所以被归入一个亚种''Phalacrocorax carbo novaehollandiae''。 由于动物学仅使用一个种下分类阶元，所以不需要在亚种名前插入任何阶元指示符,人们也明白第三个名称就是亚种名。

植物学的种下划分


在植物学中, 一个物种可以向下分为亚种, 变种, 或者变型, 这跟动物学是不同的。种下名称必须跟在一个阶元限定词后面(例如 "subsp.")来指明所指的阶元类型, 这不会在动物学中出现。 一个植物种可能会有亚种(如 ''Pinus nigra'' subsp. ''salzmannii''),变种(如 ''Pinus nigra'' var. ''caramanica''), 还有亚种的变种(如 ''Pinus nigra'' subsp. ''salzmannii'' var. ''corsicana''),甚至是更为复杂的组合。

学名的著作者

有时在学名后面会看到跟着一个人名的缩写，甚至是日期。对于一个物种的完整引用不但包括了双名法名称，还包括描述、命名该物种的作者。学名需要斜体，但不得对作者的引用进行斜体印刷。在一篇文章中，对学名作者的引用通常仅需出现一次即可。作者引用在植物学和动物学中有不同的惯例, 这由植物国际命名法规和国际动物命名法规分别确定。

植物学名作者引用


植物名作者的缩写形式由皇家植物园， Kew发布的标准索引为准; 在简要引用中，不需要包括发表日期。标准缩写可以在下面的网址找到国际植物名称索引, 作者查询页 。

所以, 在 '''''Pinus sylvestris'' L.中, 缩写 "L." 指卡尔·林奈; 在 ''Pinus koraiensis'' Siebold & Zucc. 中, Siebold 指Philipp Franz von Siebold 、 Zucc. 指合作者Joseph Gerhard Zuccarini。

如果在某些情况下, 一个种移到了另一个属中, 原作者的名字用括号括起，修订人的名称跟在括号后。例如，美国红杉首先由David Don描述成''Taxodium sempervirens'' D. Don'''。 后来, Stephan Ladislaus Endlicher指出它和其他 ''Taxodium''不相似, 并将它转入新属, 发布了''新组合'' '''''Sequoia sempervirens'' (D. Don) Endl.。

在关注植物分类详细信息的文章（如植物分类专著）, 还要加上发表地和时间, 但在像百科全书或其它非分类学著作中这样的做法很罕见。在上例中，完整的引用应为 ''Sequoia sempervirens'' (D. Don) Endl., Syn. Conif. 198 (1847)''', 意思是参阅于1847年出版的Endlicher的''Synopsis Coniferarum''的第198页。

动物学名作者引用



动物学名著只用作者的姓，而且必须给出全写而不得缩写，不写作者名字。如果有两位作者的姓相同，则加上其名字的首字母缩写。首次发表日期也应注明, 与作者间用逗号分隔。

例如'''''Balaena mysticetus'' Linnaeus, 1758, 也是由卡尔·林奈描述的, Linnaeus 的姓用全写给出,并注明了出版日期1758年。

如果一个种转入别的属,原著者和发表日期用括号括起，表示已经经过了修订, 但是修订者和修订日期不予列出。所以白额雁首次由Giovanni Antonio Scopoli描述为 ''Branta albifrons'' Scopoli, 1769'''。后来的研究发现它与雁属''Anser''的关系比与黑雁属''Branta''更近,因此被转入该属，现在引用的形式是'''''Anser albifrons'' (Scopoli, 1769)。

在正式的分类著作中, 应给出更为详尽的引用。原名和发表信息都要给出，例如 ''Branta albifrons'' Scopoli, 1769, Annus I Hist.-Nat. 69'''。

历史
卡尔·林奈发明了将物种根据其共同特点，按照科学分类的方法进行分类。这是与双名制密切相关的。然而林奈并非发明双名法的人。早在林奈200年前的Bauhin兄弟就发明了这种方法。 他把这种方法普及开来。

脚注

植物学命名法规在1975年以前都适用于细菌。在1974召开的第四届国际微生物学大会上通过了国际细菌命名法规, 但随后又被废弃。现行的国际细菌命名法规的官方"命名起始日期"是1980年1月1日。

微生物学：生物学的分支学科之一

微生物的分类单位：界、门、纲、目、科、属、种
种是最基本的分类单位，每一分类单位之后可有亚门、亚纲、亚目、亚科... 以啤酒酵母为例，它在分类学上的地位是：界（Kindom）：真菌界
门（Phyllum）：真菌门
纲（Class）：子囊菌纲
目（Order）：内孢霉目
科（Family）：内孢霉科
属（Genus）：酵母属
种（Species）：啤酒酵母
种（species）：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。①菌株（strain）表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代（起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群）。因此，一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株。菌株强调的是遗传型纯的谱系。例如：大肠埃希氏杆菌的两个菌株：EscherichiacoliB和EscherichiacoliK12
菌株的表示法：如果说种是分类学上的基本单位，那末菌株实际上是应用的基本单位，因为同一菌种的不同菌株在产酶上种类或代谢物产量上会有很大的不同和差别！ ②亚种（subspecies）或变种（variety）：为种内的再分类。
当某一个种内的不同菌株存在少数明显而稳定的变异特征或遗传性状，而又不足以区分成新种时，可以将这些菌株细分成两个或更多的小的分类单元——亚种。
变种是亚种的同义词，因“变种”一词易引起词义上的混淆，从1976年后，不在使用变种一词。通常把实验室中所获得的变异型菌株，称之为亚种。
例如：E.colik12（野生型）是不需要特殊aa的，而实验室变异后，可从k12获得某aa的缺陷型，此即称为E.colik12的亚种。③型（form）：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种内不同菌株之间的性状差异不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。例如：按抗原特征的差异分为不同的血清型
微生物的命名：微生物的名字有俗名和学名两种。如：红色面包霉——粗糙脉孢霉；绿脓杆菌——铜绿假单胞菌。学名—是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。①双名法：学名=属名+种名+（首次定名人）+现定名人+定名年份 属名：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命名。种名：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。例：大肠埃希氏杆菌Escherichiacoli（Migula）CastellanietChalmers1919
金黄色葡萄球菌StaphylococcusaureusRosenbach1884 当泛指某一属微生物，而不特指该属中某一种（或未定种名）时，可在属名后加sp.或ssp.（分别代表species缩写的单数和复数形式）。
例如：Saccharomycessp.表示酵母菌属中的一个种。菌株名称：在种名后面自行加上数字、地名或符号等 例如：BacillussubtilisAS1.389AS=AcademiaSinica
BacillussubtilisBF7658BF=北纺
ClostridiumacetobutylicumATCC824丙酮丁醇梭菌
ATCC=AmericanTypeCultureCollection美国模式菌种保藏中心
当文章中前面已出现过某学名时，后面的可将其属名缩写成1~3个字母。
例如：Escherichiacoli可缩写成E.coli
Staphylococcusaureus可缩写成S.aureus ②三名法：用于对亚种的命名，这时在属和种名后加写一个subsp.，然后再附上亚种名称（斜排体）。例如：Bacillusthuringiensissubsp.galleria苏云金芽孢杆菌腊螟亚种

1. 红色面包霉——粗糙脉孢霉；绿脓杆菌——铜绿假单胞菌。学名—是微生物的科学名称，它是按照有关微生物分类国际委员会拟定的法则命名的。学名由拉丁词、或拉丁化的外来词组成。学名的命名有双名法和三名法两种。

2. ①双名法：学名=属名+种名+（首次定名人）+现定名人+定名年份 属名：拉丁文的名词或用作名词的形容词，单数，首字母大写，表示微生物的主要特征，由微生物构造，形状或由科学家命名。种名：拉丁文形容词，字首小写，为微生物次要特征，如微生物色素、形状、来源或科学家姓名等。

3. 卡尔·林奈 在生物学中，双名法是为生物命名的标准。正如“双”所说的，为每个物中命名的名字有两部分构成：属名和种加词。属名须大写，种加词则不能。在印刷时使用斜体。例如：''Homo sapiens''。

4. 如果在一篇文章中多次提到某一个属，除第一次提及时给出全写，在以后出现时可将属名缩写，但绝不能省略，例如 ''Homo sapiens''缩写为 ''H. sapiens''。在很少的一些情况下，由于一个物种已经广为人知，所以其缩写形式就约定成俗了。
   

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